Pan-Eurooppa Instituutti on tehnyt yhteistyötä mm. seuraavien tahojen kanssa:
Eduskunta
- Asiantuntijalausunto liittyen ulkomaisiin sijoituksiin Valko-Venäjälle.
Euroopan komissio
- Kauppatieteellisen koulutuksen kehittäminen Kaliningradin alueella
- Teollinen uudelleenjärjestely uusissa EU-maissa
- Kansainvälisen yhteistyön haasteet ja mahdollisuudet EU:n laajenemisen yhteydessä
Euroopan parlamentti
- Kaliningrad, houkutteleva kohde EU-sijoittajille
Kauppa- ja teollisuusministeriö
- Venäläisen henkilöstön osaamisen kartoitus suomalaisten rakennusteollisuuden yritysten ja niiden tytäryhtiöiden palveluksessa Suomessa ja Venäjällä
Maailmanpankki
- Venäjän alueiden talousindikaattorien kehitys
Maa- ja metsätalousministeriö
- Elintarviketeollisuuden arvoketjut Leningradin ja Krasnodarin alueilla
Opetusministeriö
- Venäjän ulkoisten taloussuhteiden kehitys
- Venäjä suorien investointien kohteena ja lähteenä
Suomen Akatemia
- Venäläisten yritysten uudet roolit kansainvälisessä liiketoiminnassa
- Kasvukolmiot laajentuneen Euroopan Unionin raja-alueilla
- Uusien arvoketjujen kehitys Venäjällä: vaikutukset kilpailukykyyn
- Pietarin taloudellisen kasvun alueelliset vaikutukset Venäjällä ja Suomessa
- Venäjän innovaatiosysteemin kansainvälinen ulottuvuus – toimivuuden parantaminen verkostoitumisen avulla
Valtioneuvoston kanslia
- Itämeren alue Suomen taloudellisena toimintaympäristönä
YK
- UNCTAD: World Investment Report 2006