Pan-Eurooppa Instituutin tutkimustoiminnan strategiset painopistealueet kuusivuotiskaudelle 2004–2009 ovat seuraavat:
1) Talouden ja liiketoiminnan kehitys Itämeren talousalueella
2) Euroopan unionin ja sen itäisten rajanaapureiden taloussuhteet - erityispainopisteenä Venäjä, Kaliningrad ja EU:n pohjoinen ulottuvuus
3) Yritysten investoinnit lännestä itään ja idästä länteen - erityispainopisteenä suomalaisyritysten investoinnit Venäjälle ja venäläisten yritysten kansainvälistyminen
4) Alueellinen ja yhteiskunnallinen kehitys koko Laajassa Euroopassa - "Wider Europe"
5) Pienten ja keskisuurten yritysten kehitys EU:n uusissa jäsenmaissa ja unionin itäisissä rajanaapureissa.
